கொள்ளிடம் நதியும் கடலும் கலக்கும் இடமான தீவுக்கோட்டைப் பகுதியில்தான் இவ்வாலயம் ஆதியில் இருந்தது. பாளையக்காரர்களின் ஜெனரல் ராபர்ட் கிளைவ் என்பவன், இப்பகுதியை பீரங்கியால் தகர்த்தான். அப்போது இக்கோயில் சிதைந்தது. இவ்வூர் மக்கள், மூல விக்ரஹங்களை பத்திரமாக பாதுகாத்து வைத்து, மஹேந்திரப்பள்ளியில் ஆலயம் எழுப்பி பிரதிஷ்டை செய்தனர் என வரலாறு.

மூலஸ்தானத்தில் பெரிய பீடத்தின் மேல் - ஸ்ரீ விஜய கோதண்டராமர் எனப்படும் சுந்தர ராமர் கிழக்கே திருமுக மண்டலம் கொண்டு நின்ற திருக்கோலத்தில் சேவை சாதிக்கின்றார். எட்டடி உயரம் கொண்ட அழகிய திருமேனியுடன் தரிசனம் தருகின்றார். சீதாப் பிராட்டி, லக்ஷ்மணர் மற்றும் ஹனுமன் ஆகிய அழகிய திருவுருவங்களை சேவிக்கலாம். அர்த்த மண்டபம் நுழையும் முன் வலப்புறச் சுவரில் புடைப்புச் சிற்பமாகவும், நெல்லி மரத்தடியிலும் ஸ்ரீ ஆஞ்சநேயர் எழுந்தருளி சேவை சாதிக்கின்றார். மூலவரைப் பார்த்த வண்ணம் கருடாழ்வார், விஷ்வக்சேனர் மற்றும் ஆழ்வாராதிகளை சேவிக்கலாம். ஹயக்ரீவரின் தோற்றத்தைக் கொண்டுள்ள ஆஞ்சநேயருக்கு வெற்றிலை மாலை சாத்தி வழிபடுகின்றனர். நெல்லி மரத்தடியிலுள்ள ஆஞ்சநேயர் விக்ரஹத்தை கிணற்றினுள் இறக்கி பிரார்த்தனை செய்தால் மழை வரும் என கூறுகின்றனர்.