இரண்யாக்ஷன் என்னும் அசுரன் பூமா தேவியைக் கவர்ந்து சென்று கடலுக்கடியில் ஒளித்து வைத்து, அங்கேயே காவலுக்காக இருந்தான். பூமியில் வாழும் உயிரினங்களின் உயிர் கேள்விக்குறியானதால், தேவர்கள் எல்லோரும் திருமாலிடம் முறையிட்டனர். திருமால் வராக அவதாரம் எடுத்து கடலுக்குள் சென்று, அசுரனை சம்ஹாரம் செய்து பூமா தேவியை மீட்டு வந்தார். வராக வடிவம் கொண்ட அவதாரத்தின் நோக்கம் முடிந்ததும் வைகுண்டம் திரும்பாமல் பூமியிலேயே சுற்றிக் கொண்டிருந்ததால் தேவர்கள் பரமேஸ்வரனை வேண்ட, வேடன் உருவில் தோன்றிய சிவபெருமான் தனது சூலத்தைப் பன்றியின் மீது வீச, பன்றி மஹாவிஷ்ணு உருப்பெற்றது. இரண்யாக்ஷனைக் கொன்ற தோஷம் போகப் பரிகாரம் வேண்டி நின்ற திருமாலிடம், இருவரும் ஐக்யமாகி லிங்க வடிவில் காட்சி தருகின்றனர். அந்த வடிவமே வாராஹீஸ்வரர். அதனால் தான் லிங்கத் திருமேனியில் சங்கு, சக்கரம் இடம் பெற்றுள்ளன. மண்டபங்களிலும் தூண்களிலும் காணப்படும் சிற்பங்கள் அனைத்தும் எழில் கொண்டவை. சிதிலமடைந்திருந்த பழைய கோவிலைப் புதுப்பிக்கவும், கோவிலின் மற்ற தேவைகளுக்கும் காஞ்சி சங்கர மடம் நிறைய செய்துள்ளது.

மூலவர்: ஸ்ரீ வாராஹீஸ்வரர், அம்பாள்: ஸ்ரீ கௌரி. மற்றொரு மூலவர்: ஸ்ரீ சரபேஸ்வரர், அம்பாள்: ஸ்ரீ சொர்ணாம்பிகா. மூலஸ்தானத்தில் ஸ்ரீ வாராஹீஸ்வரர் சிவலிங்க ஸ்வரூபமாக எழுந்தருளியுள்ளார். கம்பீரமான பாணத்துடனும் நாகாபரணங்களுடனும் அழகாக தரிசனம் தருகிறார். சுயம்புவாகத் தோன்றிய சங்கு, சக்கர வடிவங்கள் பாணத்தில் காணப்படுகின்றன. லிங்கத்தின் மேல் சர்ப்பம் போன்ற அமைப்பு உள்ளதால் கால சர்ப்ப தோஷ நிவர்த்திக்காகப் பிரார்த்திக்கின்றனர். இவருக்கு எலுமிச்சை சாத நைவேத்தியம் உகந்தது என குருக்கள் தெரிவிக்கின்றார். மஹா சிவராத்திரி மற்றும் அமாவாசை தினங்களில் மாலை வேளையில் சூரியனின் ஒளிக்கதிர்கள் சுவாமி மீது படர்ந்து சூரிய பூஜை செய்கின்றன. அம்பாள் ஸ்ரீ கௌரி தெற்கு நோக்கி நின்ற கோலத்தில் அருள்பாலிக்கின்றாள். சதுர்புஜங்களுடன் கூடிய அழகான திருமேனி. அம்மனின் வாகனமாக யானை இருப்பது வித்தியாசமாக உள்ளது. ஹிரண்ய சம்ஹார நரசிம்மர், எலும்புருக்கி அம்மன் ஆகிய சிற்பங்கள் அழகாக உள்ளன. பிரகாரங்களிலும், தூண்களிலும் பதினாறு பைரவர்கள் உள்ளனர். இவற்றுள் அக்னி பைரவர் பிரசித்தம். அஷ்டமி தினங்களில் சிறப்பு வழிபாடுகள் நடக்கின்றன. மற்றொரு மூலஸ்தானத்தில் மூலவராக ஸ்ரீ சரபேஸ்வரர் லிங்க வடிவில் எழுந்தருளியிருக்கிறார். நாக வடிவம் பொறிக்கப்பட்டுள்ளது. உடன் ஸ்ரீ சொர்ணாம்பிகா எழுந்தருளி அருள்பாலிக்கின்றனர். கேது பகவானுக்கு உரிய பரிகாரப் பிரார்த்தனைகளை ஸ்ரீ சரபேஸ்வரருக்குச் செய்கின்றனர். விநாயகர், சுப்ரமண்யர் மற்றும் சிவாலய கோஷ்டத்து மூர்த்தங்கள் என அநேக மூர்த்தங்களைக் காணலாம்.