மறதி ஏற்படுவதால் தனது படைப்புத் தொழிலைச் சரிவர செய்ய இயலாமல் போன பிரம்மா, காஞ்சியில் ஒரு யாகம் செய்தால் ஆயிரம் யாகங்கள் செய்த பலன் கிடைக்கும் என்பதால், பிரம்மதேவன் இங்கு சரஸ்வதியின்றி யாகம் தொடங்கினார். கோபம் கொண்ட கலைமகள் வேகவதி ஆறாக உருவெடுத்து வேகமாக பாய்ந்து வந்தாள். பிரம்மனும் உடனிருந்தவர்களும் யாகம் அழிந்துவிடுமே என அச்சம் கொண்டனர். உடனே மகாவிஷ்ணு ஆற்றின் குறுக்காக அணையாக புஜங்க சயனம் கொண்டு தடை ஏற்படுத்தவே, மேலே செல்லமுடியாத சரஸ்வதி அந்தர்வாஹினியாகிவிட்டாள். வேகவதி நதிக்கு அணையாக இருந்ததால் 'வெக்கணை' எனப் பெயர் பெற்றது என வரலாறு. சரஸ்வதி வெட்கி தலை குனிந்ததால் 'திருவெக்கா' என்று அழைக்கின்றனர். திருமழிசையாழ்வாரும் அவரது சீடன் கணிகண்ணனும் இந்த ஸ்தலத்தில் கைங்கர்யம் செய்து வந்தனர். அரசவையில் பணியாற்றிய கிழவி ஒருத்தி, இவர்கள் இருக்கும் இடத்தை சுத்தம் செய்வது போன்று பல பணிகளை செய்து வந்தாள். அவளின் மூப்பும், தள்ளாமையும் கண்டு இரக்கமுற்ற கணிகண்ணன் ஒரு பாசுரம் பாடி பெருமாள் அருளால் அவளைக் குமரியாக்கினான். இதைக் கேள்வியுற்ற மன்னன் தன்னையும் இளமையாக்க வேண்டினான். கணிகண்ணன் அதற்கு இசையவில்லை. கோபம் கொண்ட மன்னன் கணிகண்ணனை நாடு கடத்தினான். திருமழிசையாழ்வார் தாமும் சீடனுடன் செல்ல முற்பட்டு, பெருமாளை பிரிய மனமில்லாமல், "பைந்நாகப் பாயை சுருட்டிக்கொள்" என்று பாட ஆரம்பித்ததும், பெருமாளும் நகரத்தை விடுத்து இவர்களுடன் சென்றார். பாலாற்றின் வடகரையில் ஓரிடத்தில் மூவரும் தங்கினர். (தற்போது ஓரிருக்கை எனப்படும் ஊர்). பெருமாள் கோவிலை விடுத்து சென்றதும் காஞ்சி நகரமே பொலிவிழந்தது. தன் தவற்றை உணர்ந்த மன்னன் ஆழ்வாரிடம் மன்னிப்பு கேட்க, ஆழ்வாரும் "உன் பைந்நாகப் பாயை விரித்துக் கொள்" எனப் பாடினார். பெருமாளும் மீண்டும் பழையபடி கோவிலுக்கே திரும்பினார் என ஸ்தல வரலாறு. இதனால் இவர் யதோத்காரி, சொன்ன வண்ணம் செய்த பெருமாள் எனத் திரு நாமங்கள் கொண்டார். பொய்கை ஆழ்வாரின் அவதார ஸ்தலம். பாஞ்சசன்யம் எனும் சங்கின் அவதாரமாக ஒரு தாமரை மலரில் அவதரித்தார் எனக் கூறுவர். பாஞ்சி பிரதிவாதி பயங்கரம் அண்ணங்கராசார்ய ஸ்வாமிகள் ஸ்ரீ யதோத்காரி சுப்ரபாதம் என்னும் நூலை எழுதியுள்ளார். ஸ்ரீ வேதாந்த தேசிகர் வேகா சேது ஸ்தோத்ரம் எழுதியுள்ளார். 108 திவ்ய தேசங்களுள் ஒன்று.

மூலவர்: ஸ்ரீ யதோத்காரி, தாயார்: ஸ்ரீ கோமளவல்லி. மேற்கு நோக்கிய கோபுரத்துடன் விளங்கும் மிகப் பழமையான கோவில் இது. மூலஸ்தானத்தில் மூலவராக எழுந்தருளியுள்ள ஸ்ரீ யதோத்காரி பெருமாள் ஆதிசேஷன் மீது பள்ளி கொண்டு, புஜங்க சயனத்தில் காட்சி தருகின்றார் (மாறு சயனம்). அழகிய பிரமாண்டமான திருமேனி. 'சொன்ன வண்ணம் செய்த பெருமாள்' என்று போற்றுகின்றனர். திருவடிகளருகே சரஸ்வதி தேவி அமர்ந்திருக்கின்றாள். பொதுவாக திருமாலின் புஜங்க சயனக் கோலம் இடமிருந்து வலமாக இருக்கும். ஆனால் இந்த ஸ்தலத்தில் மட்டும் வலமிருந்து இடமாக சயனித்துள்ளார். சந்நிதியின் முன்பாக நிற்கும் சேவார்த்திகளைப் பார்ப்பது போல திருமுகமண்டலம் இருப்பது கூடுதல் விசேஷம். பிரம்மா, பொய்கை ஆழ்வார், பூதத்தாழ்வார், கணிகண்ணன் ஆகியோர்க்கு பிரத்யட்சம் ஆனதாக ஐதீகம். சீதா பிராட்டி, லக்ஷ்மணன், ஹனுமன் சகிதமாக ஸ்ரீ கோதண்டராமர் சேவை சாதிக்கின்றார். ஸ்ரீ ராமரின் வடிவம் மற்றும் வில் ஆகியன வித்தியாசமான அழகுடன் காணப்படுகிறது. கோமளவல்லித் தாயார் அழகே உருவாக கிழக்கு நோக்கி அமர்ந்த கோலத்தில் காட்சி தருகிறாள். இத்தலத்திலுள்ள ஆண்டாளின் அழகான திருவுருவத்தைப் போல வேறு எங்கும் பார்த்ததில்லை. குழந்தைப்பேறு வேண்டி பிரார்த்திக்கின்றனர். ஆழ்வாராதிகள் தனித்தனி சந்நிதிகள் கொண்டுள்ளனர். வலச்சுற்றில் லட்சுமிநாராயணர், நாகலட்சுமி ஆகியோரை சேவிக்கலாம். நாகர் புற்று ஒன்றும் உள்ளது.