ஸ்தல வரலாறு: இந்த சிவலிங்கத்தை அகஸ்தியர் திருமலையிலிருந்து கொண்டு வந்து பிரதிஷ்டை செய்ததாக ஐதீகம். அகஸ்தியர் இங்கு தங்கி, ஆஸ்ரமம் அமைத்து, யாக குண்டங்கள் ஏற்படுத்தி, சிவ - சூர்ய - அக்னி தெய்வங்களுக்கு ஹோமங்கள் செய்து வந்தார். அகஸ்தியர் பூஜித்த இவ்விறைவனை ஏழு சித்தர்கள், பிராண பிரதிஷ்டை செய்து, தவ யோகத்தில், சிவ தியானத்தில் உள்ளதாக ஸ்தல வரலாறு கூறுகிறது. பல யாகங்கள் செய்ததால் 'யக்னமேடு' எனப் பெயர் கொண்டு, பின்னர் பல யாக குண்டங்கள் இருந்ததினால் 'குண்டமூர்' எனப் பெயர் மருவி, 'குண்டையூர்' எனப் பெயருற்று, பின்னர் இந்நாளில் 'மேலக்குண்டையூர்' என அழைக்கப்படுகிறது.

மூலஸ்தானத்தில் ஸ்ரீ திருமலைநாத ஈஸ்வரர் சிவலிங்க ஸ்வரூபமாக எழுந்தருளி அருள் புரிகின்றார். அம்பாள் ஸ்ரீ காமாட்சி அழகே உருவாக எழுந்தருளி தரிசனம் தருகின்றாள். சூரிய பகவானும், அஷ்டபுஜ துர்க்கையும் எழுந்தருளியுள்ளனர். மிகப் பெரிய திருவுருவங்கள்.