ஆதி காலத்தில் அத்ரி முனிவர் பூஜித்த சிவலிங்கம் காலப்போக்கில் பாம்பு புற்று கொண்டு மூடப்பட்டு புதையுண்டது. மன்னன் பொம்மி ரெட்டியின் கனவில் தோன்றிய புற்றுக்குள் மறைந்திருக்கும் தம்மை வெளிக்கொணர்ந்து, ஆலயம் எழுப்புமாறு பணித்தார். கனவில் தோன்றிய இடத்திற்கு சென்ற மன்னன், தாழ்வான பகுதி ஒன்றில் தண்ணீர் நிரம்பிய குளமும் பாம்பு புற்று ஒன்றும் இருக்கக் கண்டான். அதிலிருந்த சிவலிங்கத்தை வெளிக் கொணர்ந்து இவ்வாலயம் எழுப்பியதாக ஸ்தல வரலாறு. 1530ஆம் ஆண்டு மன்னனால் கட்டப்பட்டு நித்ய வழிபாடுகளுடன் இருந்த கோவில் வெள்ளையர்களின் ஆதிக்கத்தின் போது 200 வருடங்களுக்கு மேலாக (1749 முதல் 1947 வரை) வழிபாடு இல்லாமல் இருந்தது. பின்னர் தொல்பொருள் இலாகாவினரால் பாதுகாக்கப்பட்டு வந்ததாம். பல்வேறு ஆன்மீகவாதிகள், அரசியல் தலைவர்கள் பற்பல சமயங்களில் முயன்றும் வழிபாட்டிற்கு அனுமதி கிடைக்கவில்லையாம். தொடர்ந்து போராடி, பின்வாசல் வழி சென்று கும்பிட அனுமதி கிடைத்ததாம். காஞ்சி மஹா பெரியவர் போன்ற சமயத் தலைவர்கள், முன்வாசல் வழி சென்று வழிபட மத்திய அரசிடம் அனுமதி கேட்ட வண்ணம் இருந்தனர். ஆன்மீகவாதிகளின் இடைவிடாத பணி, வேலூர் மக்களின் கூட்டு முயற்சி, இவற்றினால் மூடிக் கிடந்த ஆலயம் 16.3.1981 முதல் கும்பாபிஷேகம் செய்யப்பட்டு மீண்டும் வழிபாடு நடக்க வழிவகை செய்யப்பட்டது என வரலாற்று தகவல். புனித நீர் கிணறு ஒன்று புதையுண்டு இருப்பதாக மஹாபெரியவர் கூறிய யோசனையின்பேரில் கோவிலைச் சுற்றி தேடி பார்த்ததில், 2ஆம் பிரகாரத்தில் அது கிடைத்ததாக குறிப்பொன்று கூறுகிறது.

மூலவர்: ஜலகண்டேஸ்வரர், அம்பாள்: ஜெகதாம்பிகை. மூலஸ்தானத்தில் சிவலிங்க ஸ்வரூபமாக எழுந்தருளியுள்ளார் ஜலகண்டேஸ்வரர். நான்கரை டன் எடை கொண்ட பெரிய திருமேனி. ருத்ரதாட்ச பந்தலின் கீழ் எழுந்தருளியுள்ளார். நான்கு புறமும் ஜலத்தால் சூழப்பட்டு நடுவே எழுந்தருளியதால் ஜலகண்டேஸ்வரர் என்ற பெயர். அம்பாள் ஜெகதாம்பிகை அழகு திருவுருவமாக தரிசனம் தருகின்றாள். அகிலாண்டேஸ்வரி என்ற பெயரும் உண்டு. முன் மண்டபத்தில் லட்சுமியும் சரஸ்வதியும் இடம் பெற்றுள்ளனர். அம்பாள் சந்நிதியின் எதிரில் சத்ய ஜோதி எனும் அணையா விளக்கு இருக்கின்றது. நடுவே பிரதான ஜோதியும் சுற்றிலும் எட்டு ஜோதிகளுமாக நவ ஜோதி தீபங்கள் பிரகாசிக்கின்றன. நெய் அல்லது எண்ணெய் ஊற்றி விளக்கேற்றி 16 முறை சுற்றி வந்து பிரார்த்திக்கும் பக்தர்கள் அநேகம். நுழைவு வாசலில் உள்ள பிரம்மாண்டமான பிள்ளையார் அற்புதமான தோற்றம். ஒரே கல்லில் உருவாக்கியுள்ளனர். வெங்கடேசப் பெருமாள், வலம்புரி விநாயகர், நடராஜர், ஷண்முகர், பைரவர், லட்சுமி, சரஸ்வதி, நால்வர் என அநேக சந்நிதிகள் உள்ளன. 6 அடி உயரம் கொண்ட செல்வ விநாயகர் அழகாக இருக்கிறார். பச்சைக்கல் கொண்டு உருவாக்கியுள்ளனர். திருமலை திருப்பதி தேவஸ்தானம் வழங்கியுள்ள கற்சிலைகளும், பஞ்சலோக விக்ரஹங்களும் அழகாக இருக்கின்றன. 35 அடி ஆழ கங்கா-கௌரி கிணறு. இதில் பக்தர்கள் காசுகளை போடுகிறார்கள். போட்ட காசுகள் தண்ணீரில் மூழ்கியிருக்கும் படிக்கட்டுக்களில் போய் நிற்பின், வேண்டியது நடக்கும் என்ற நம்பிக்கை.