ஆதியில் பரசுராமர் இப்பகுதியில் மக்களை குடியேற்றினார். சிலர் பள்ளமான பகுதிகள் அல்லது பாதாளம் எனக் குடி புகுந்தனர். அவர்கள் நாகர் எனப்பட்டனர். அவர்கள் நாகராஜனை வழிபட்டனர். கோவிலைக் கொண்டே இவ்வூருக்கு நாகர்கோவில் எனப் பெயர் வழங்கலாயிற்று.
பரசுராமர் காலத்தில் நாகராஜா கோவிலாக இருந்த இக்கோவில் அதன் பிறகு சமணர்கள் ஆதிக்கத்திற்கு உட்பட்டு, ஜினாலயமாக மாற்றப்பட்டது. ஆலயத்தில் ஆறு சமண விக்ரகங்கள் உள்ளன. மண்டபத்து தூண்களில் பார்சுவ நாதரின் இரண்டு திருவுருவங்களைக் காணலாம்.
பூதள வீர உதய மார்த்தாண்டன் எனும் திருவாங்கூர் அரசன் மான்யங்கள் பல அளித்ததற்கான கல்வெட்டுக் குறிப்புகள் காணப்படுகின்றன. இவனுக்கு பிறகு இக்கோவில் இந்துமத சார்புடையதாகியது. முதலாம் ராஜராஜ சோழன் காலத்தில் மும்முடி சோழபுரம் எனப் பெயர் பெற்றது. கோட்டாறு என்றும் அழைக்கப்பட்ட இவ்வூர் ஆதியில் நெசவுத் தொழிலுக்கு பெயர் பெற்று விளங்கியது. மரிக்கொழுந்து வாசம் மிகுந்த ஊர் என்பர்.
பாண்டிய மன்னன் ஒருவன் தனக்கு வந்த குஷ்டநோய் குணமடைய நாகராஜனை பிரார்த்தித்தார். அவனது நோய் குணமானதால் நன்றிக் கடனாக நாகராஜனுக்கு கோவில் எழுப்பியதாக கூறப்படுகிறது.
பின்னர் சிறிது காலம் கழித்து வயல்வெளியில் வேலை செய்து கொண்டிருந்த பெண் ஒருத்தி திடீரென அலறினாள். சத்தம் கேட்டு ஓடி வந்த ஊர் மக்கள் நாகர் சிலை ஒன்று வெட்டப்பட்டு அதிலிருந்து ரத்தம் கசிவதைக் கண்டனர். உடனே அந்த சிலையை பிரதிஷ்டை செய்து ஓலைக் குடிசை எழுப்பி கோவிலாக்கி வழிபட்டு வந்தனர்.
ஆரம்பத்தில் பாம்புமேக்காட்டு மனா தந்த்ரி மற்றும் அவரது வழி வந்தவர்களால் பூஜிக்கப்பட்டு வந்த நாகராஜா, பின்னர் திருவல்லம் பரம்பூர் இல்லத்தினரால் பூஜிக்கப்பட்டார் என ஒரு குறிப்பு கூறுகிறது. ஒவ்வொரு வருடமும் மலையாள கற்கடக மாதத்தில் ஓலைக் குடிசை புதிதாக அமைக்கப்பட்டு வந்தது என்றும் கூறுவர்.
