ஆதி காலத்தில் அத்ரி முனிவர் பூஜித்த சிவலிங்கம் காலப்போக்கில் பாம்பு புற்று கொண்டு மூடப்பட்டு புதையுண்டது.
மன்னன் பொம்மி ரெட்டியின் கனவில் தோன்றிய புற்றுக்குள் மறைந்திருக்கும் தம்மை வெளிக்கொணர்ந்து, ஆலயம் எழுப்புமாறு பணித்தார். கனவில் தோன்றிய இடத்திற்கு சென்ற மன்னன், தாழ்வான பகுதி ஒன்றில் தண்ணீர் நிரம்பிய குளமும் பாம்பு புற்று ஒன்றும் இருக்கக் கண்டான். அதிலிருந்த சிவலிங்கத்தை வெளிக் கொணர்ந்து இவ்வாலயம் எழுப்பியதாக ஸ்தல வரலாறு.
1530ஆம் ஆண்டு மன்னனால் கட்டப்பட்டு நித்ய வழிபாடுகளுடன் இருந்த கோவில் வெள்ளையர்களின் ஆதிக்கத்தின் போது 200 வருடங்களுக்கு மேலாக (1749 முதல் 1947 வரை) வழிபாடு இல்லாமல் இருந்தது. பின்னர் தொல்பொருள் இலாகாவினரால் பாதுகாக்கப்பட்டு வந்ததாம்.
பல்வேறு ஆன்மீகவாதிகள், அரசியல் தலைவர்கள் பற்பல சமயங்களில் முயன்றும் வழிபாட்டிற்கு அனுமதி கிடைக்கவில்லையாம். தொடர்ந்து போராடி, பின்வாசல் வழி சென்று கும்பிட அனுமதி கிடைத்ததாம்.
காஞ்சி மஹா பெரியவர் போன்ற சமயத் தலைவர்கள், முன்வாசல் வழி சென்று வழிபட மத்திய அரசிடம் அனுமதி கேட்ட வண்ணம் இருந்தனர். ஆன்மீகவாதிகளின் இடைவிடாத பணி, வேலூர் மக்களின் கூட்டு முயற்சி, இவற்றினால் மூடிக் கிடந்த ஆலயம் 16.3.1981 முதல் கும்பாபிஷேகம் செய்யப்பட்டு மீண்டும் வழிபாடு நடக்க வழிவகை செய்யப்பட்டது என வரலாற்று தகவல்.
புனித நீர் கிணறு ஒன்று புதையுண்டு இருப்பதாக மஹாபெரியவர் கூறிய யோசனையின்பேரில் கோவிலைச் சுற்றி தேடி பார்த்ததில், 2ஆம் பிரகாரத்தில் அது கிடைத்ததாக குறிப்பொன்று கூறுகிறது.
