திருமூல சித்தர் என்பவர் இங்குள்ள குகையில் வசித்து தவம் மேற்கொண்டார் என்றும், அதனால் குகையூர் என அழைக்கப்பட்டு காலப்போக்கில் கூகையூர் என்றானதாகவும் கூறப்படுகின்றது.
சுவேத நதி எனப்படும் வெள்ளாற்றின் வடகரையில் அமைந்துள்ளது கூகையூர். சித்தநாதர் கோவில் எனப்படும் பஞ்சாட்சரநாதர் கோவில், காரியாம்புரீஸ்வரர் கோவில், சோழீஸ்வரர் கோவில், கைலாசநாதர் கோவில் ஆகிய கோவில்களையும் கொண்ட ஸ்தலம் என்பதால், பஞ்ச பூத சிவஸ்தலங்களுள் ஒன்று என்ற சிறப்பைப் பெற்றது.
ஒரு ஸ்தபதியின் மகனை பாம்பு கடித்து இறந்துவிட, இவ்விறைவன் சித்தராக வந்து சிறுவனுக்கு உயிர் கொடுத்தார் என ஸ்தல வரலாறு கூறுகிறது.
தேவார வைப்புத்தலம்.
